In der ersten Hälfte des 19. Jahrhunderts lag Lingen wirtschaftlich am Boden. Um so größer waren deshalb die Hoffnungen, die man mit der Ansiedlung einer Infanteriekaserne verband. 1833/35 wurde sie auf einem Gelände östlich der Stadt an der späteren Kaiserstraße errichtet. Der Magistrat war an der Finanzierung maßgeblich beteiligt. Er nahm eine Anleihe von immerhin 3600 Gulden auf, kaufte das Gebäude und machte es dem hannoverschen Kriegsministerium zum Geschenk. 1835 zog das 11. Linienbataillon ein. Damit war Lingen erstmals seit 1632 wieder Garnisonsstadt. Doch das währte nicht lange. 1837 übernahm Ernst August von Hannover die Regentschaft im Königreich und begann sogleich mit der Durchführung einer Heeresreform nach preußischem Vorbild. Das 11. Linienbataillon wurde mit dem 8. Infanterieregiment zum 6. Infanterieregiment vereinigt und – angeblich auch wegen einer Augenepidemie unter den Soldaten – 1837/38 von Lingen abgezogen und nach Osnabrück verlegt. Und damit stand die Kaserne leer.
Im Juni 1838 besuchte König Ernst August die Stadt. Der sah sich allgemein massiver Kritik ausgesetzt, da er sich geweigert hatte, sich auf die Verfassung verpflichtet zu lassen, und so unternahm er nun eine Städtetour, um sein angeschlagenes Image aufzupolieren. In Lingen aber sah man den Besuch vor allem vor dem Hintergrund der abgezogenen Garnison. Entsprechend schlecht war man auf den König zu sprechen. Zum Empfang des Königs sollte aus der Bürgerschaft eine uniformierte Ehrengarde gebildet werden. Diese Ehrengarde bildet den Ursprung des heutigen Bürgerschützenvereins. Doch erst, als man den angesehenen Bürgern der Stadt erklärte, dass der Königsbesuch die Möglichkeit biete, die Garnison zurückzubekommen, waren sie zum Beitritt bereit. Tatsächlich wurde der kritische Punkt angesprochen: Seit der Verlegung der Garnison seien „Verödung und Niedergeschlagenheit“ in die Stadt eingekehrt, so würden der Stadt und ihrer Umgebung jährlich 36.000 Taler entgehen. Am nächsten Morgen reiste der König weiter.
Die Garnison kehrte nicht zurück, und die Kaserne wurde nur noch sporadisch genutzt, etwa wenn im Sommer Einheiten des Königin-Husaren-Regiments aus Osnabrück gelegentlich für Übungen vorbeikamen. Die Stadt bemühte sich jedoch auch weiterhin um die Wiederansiedlung einer festen Garnison. Um die Soldaten an sich zu binden, erwarb sie 1844 sogar einen Kavallerieexerzierplatz bei Brögbern – nördlich der Haselünner Straße auf dem Gebiet der alten Pferderennbahn – und setzte ihn instand. Doch die Tage der Kaserne waren gezählt.
1854 verkaufte das Kriegsministerium die Kaserne an das Justizministerium, die die Unterkünfte in eine Strafanstalt verwandeln wollte. In der Bevölkerung stieß die Ansiedlung von Gefangenen in der Stadt auf Ablehnung. Man empfand sie als ehrenrührig. Im April 1854 wurde eine Petition gegen die Strafanstalt eingereicht. Mehrere Bürger erschienen vor dem Magistrat und erhoben Einwand gegen die Pläne. Auch der Magistrat selbst hatte gewisse Bedenken. Schließlich sei die damalige Schenkung lediglich zweckgebunden erfolgt. Also sollte doch entweder die Garnison zurückkehren oder eine Geldentschädigung gezahlt werden. Erfolg hatte all das nicht. Die Kaserne wurde umgebaut und mit einer hohen Mauer umgeben, und am 1. Juni 1854 trafen die ersten weiblichen Gefangenen ein. Provisorisch übernahm zunächst Bürgermeister Horkel die Leitung der Anstalt, bis schließlich ein regulärer Direktor eingestellt wurde. Im Laufe der nächsten Jahre wurde das Gelände zunehmend den neuen und wachsenden Erfordernissen des Gefängnisses angepasst. Der alte Exerzierschuppen wurde in eine Kirche und eine Schule umgebaut, das alte Lazarett zur Direktorenwohnung umfunktioniert (1857). Später wurde ein großes Zellenhaus (1872/75), dann ein Pförtnerhäuschen (1875) und schließlich ein Arbeitshaus (1891) errichtet.
Vorgesehen war die Strafanstalt zunächst für 170 weibliche Zuchthausgefangene und 180 männliche Strafarbeitshausgefangene, doch bereits nach zwei Jahren wurden infolge der Schließung des Emdener Zuchthauses die Kapazitäten auf insgesamt 400 Personen erhöht. Eine dritte Gruppe von Insassen, die der Werkgefangenen, entstand 1860 nach der Auflösung der Werkhäuser in Peine und Mohringen. Zwölf Stunden am Tag wurde gearbeitet. Die Gefangenen nähten Kleidung und sponnen Garn. Für eine Stunde am Tag hatten sie Ausgang im Hof. Für Fleiß, Betragen und Arbeitsleistungen bekamen die Gefangenen regelmäßig Noten. Ein Lehrer erteilte basalen Unterricht. Geschlafen wurde in Großraumschlafsälen mit eisernen Schlafzellen, um, wie Bürgermeister Horkels Nachfolger Werner von Beesten es ausdrückte, „der Unsittlichkeit vorzubeugen“. Alle acht bis vierzehn Tage wurde gebadet.
In nationalsozialistischer Zeit war das Lingener Strafgefängnis eng mit den Emslandlagern verbunden. Dem Beauftragten des Reichsjustizministeriums für die Emslandlager war zugleich auch die Lingener Strafanstalt unterstellt. Und bei der Verlegung von Strafgefangenen in die Lager oder von den Lagern weg diente die Strafanstalt häufig als Zwischenstation. Die im August 1943 auf dem Wehrmachtsschießplatz in Schepsdorf hingerichteten zwölf Mitglieder der belgischen Widerstandsgruppe „Zwarte Hand“ aus dem Lager Esterwegen verbrachten die letzten Stunden vor ihrer Erschießung ebenso im Lingener Strafgefängnis wie die ein Jahr später an selber Stelle hingerichteten Belgier, die wegen Fahnenflucht im Lager Börgermoor einsaßen. Im Oktober 1951 wurde die Haftanstalt Lingen aufgelöst und mit den Strafanstalten Emsland, die ihren zentralen Verwaltungssitz in Papenburg hatten, zur Strafanstalt Lingen zusammengelegt.
